Politika Francouzské Polynésie funguje v rámci parlamentní reprezentativní demokracie, oblast je zámořskou částečně autonomní součástí Francouzské republiky. Zdejší prezident je zároveň hlavou vlády, která sestává z koalice různých politických stran. Výkonná moc je plně v kompetenci vlády. Legislativní moc se dělí mezi vládu a takzvané Shromáždění Francouzské Polynésie- něco jako parlament.
Velký politický otřes zaznamenala Francouzská Polynésie v roce 2007, kdy byl prezidentem zvolen vůdce hnutí pro nezávislost Francouzské Polynésie, Oscar Temaru. Nahradil tak bývalého prezidenta Gastona Tong Sang, svého dlouholetého rivala, odpůrce separatistických snah. Naštěstí pro Polynésii nově zvolený prezident nezískal důvěru ve Shromáždění Francouzské Polynésie, což mělo za následek pád jeho vlády a nové volby v únoru 2008. Nové volby vyhrála strana bývalého prezidenta Gastona Tong Sang, což ale krizi příliš nevyřešilo, protože dvě opoziční menšinové strany- Oscara Temaru a Gastona Flosse měly dohromady ve Shromáždění o jeden hlas víc než vládnoucí strana. Tato koalice zabránila znovuzvolení Gastona Tong Sang prezidentem, 23. února 2008 byl prezidentem zvolen Gaston Flosse s podporou separatistické strany Oscara Temaru, Oscar Temaru byl ustanoven mluvčím území. Tyto dvě strany sestavily koaliční kabinet.
V municipálních volbách v březnu 2008 však opět vyhrála strana Gastona Tang Sang, která obsadila klíčové pozice v zastupitelstvech Polynéských municipalit. Vláda Gastona Flosse padla v dubnu 2008 při hlasování o nedůvěře ve Shromáždění, kdy z hlasování odešli dva členové stran Flosse a Temaru, čímž podpořili stranu Gastona Tang Sang. Následkem tohoto byl prezidentem znovu zvolen Gaston Tang Sang, jeho většina na území však pochopitelně není příliš významná. Ve svém kabinetu nabídl křesla příslušníkům obou opozičních stran, kteří je ale odmítli. Dále vyzval všechny strany, aby se smířily a ukončily tak nestabilitu území, která brání přílivu zahraničních investic, který je potřebný k rozvoji zdejší ekonomiky.
Co se týká autonomie tohoto území, je pouze částečná, místní vláda nijak nerozhoduje v oblasti spravedlnosti, školství, bezpečnosti a obrany, tyto oblasti spravuje přímo francouzská vláda, kterou na místě zastupuje Vysoký komisař Francouzské republiky pro Francouzskou Polynésii.
Francouzské Polynésie rovněž vysílá dva zástupce do francouzského Národního shromáždění, z nichž jeden zastupuje ostrovy seskupení Leeward, Austral, Moorea-Maiao a nejzápadnější část Tahiti (včetně hlavního města Papeete), druhý reprezentuje střední a východní části Tahiti, Tuamotu-Gambier a ostrovy Marquesas. Francouzská Polynésie má také jednoho senátora ve francouzském senátu. Ostrovy jsou převážně Křesťanské, s převahou protestantismu, část populace je Římskokatolická.